牡丹根的处理方法如下：清洗：如果牡丹根系很干净，可以省去这一步。

如果根系很脏，需要将根系泥土清洗干净。剪根：将牡丹根系的须根剪掉，主根保留。去皮：将牡丹根系的表皮去掉，露出木质部。晾晒：将处理好的牡丹根系放在阳光下晾晒，直到根部变为浅黄色且质地较为坚韧。存储：将晾晒好的牡丹根系放在通风干燥的地方存储。以上步骤完成后，牡丹根就处理好了。