如果您的速卖通订单的运费超过100元一公斤，您可以按照以下步骤进行设置：

1. 登录速卖通卖家后台，进入“运费模板”页面。

2. 点击“新建运费模板”按钮，创建一个新的运费模板。

3. 在运费模板页面中，选择您要设置的运输方式和国家/地区。

4. 在运费模板页面中，选择“自定义运费”选项卡。

5. 在“自定义运费”选项卡中，输入您希望收取的运费金额。

6. 在“自定义运费”选项卡中，勾选“超过100元一公斤时，收取额外费用”选项。

7. 点击“保存运费模板”按钮，保存您的运费设置。设置完成后，当您的订单的运费超过100元一公斤时，速卖通将会自动收取额外费用。请注意，如果您的商品重量或体积较大，或者您的运输方式比较特殊，可能需要进行更详细的设置。