淘宝店代运营费用应该按照协议约定的方式进行结算，一般有两种方式：按照销售额的百分比或按照固定金额。

在做账时，需要根据实际情况记录每笔订单的销售额和代运营费用，并及时进行核对和结算。同时，还需要注意记录相关的收据、发票等财务证明文件，以便后续的财务审计和管理。最终，应该生成一份详细的账单，并及时与淘宝店主进行沟通、确认和结算。