速卖通的半托管运费可以通过以下几种方式扣除：平台代扣：速卖通平台会根据物流公司的报价和运输规则，在订单完成后自动扣除相应的运费，并将款项支付给物流公司。

商家可以在速卖通平台查看相关的运费明细和结算记录。商家自行支付：商家可以选择自己支付运费，通过其他支付方式将运费与商品费用一起支付给买家。这种情况下，商家需要与买家沟通语言，确保买家能够理解运费支付方式。买家自行联系物流公司：如果商家选择自己承担运费，但买家希望自行联系物流公司进行配送，商家需要在订单中注明运费自理，并告知买家自行联系物流公司的方式。需要注意的是，速卖通平台上的运费支付方式可能会因物流公司和运输方式的不同而有所差异。商家和买家需要仔细阅读速卖通平台的相关规则和物流公司的报价，以确保运费支付的准确性和及时性。