是的，亚马逊平台的商家可以自主设置运费。

商家可以根据自己的需求和运营策略，设置不同的运费策略，例如按重量、按件数、按订单金额等方式进行计算。商家也可以根据商品所在地、目的地等因素进行差异化运费设置。但请注意，亚马逊平台有一些运费政策限制和规定，商家需要遵守相应的规则进行运费设置。