如果速卖通卖家被起诉，并且因此导致保证金被扣除，一般情况下，保证金的扣除是为了作为处罚或作为解决纠纷的一部分。

如果卖家对扣除保证金的决定有异议，可以按照速卖通平台的争议解决流程进行申诉。在申诉过程中，卖家需要提供相关证据来证明自己的清白，如果平台审核后认为卖家的行为没有违反平台规则，那么可能会将保证金部分或全部退还给卖家。但是，如果卖家确实存在违规行为，比如售假、侵权、欺诈等，那么平台可能会根据违规的严重程度扣除相应金额的保证金，甚至可能会关闭卖家的账户。总的来说，如果卖家被起诉并且保证金被扣除，是否能够退还保证金需要根据具体的情况和速卖通平台的规则来决定。卖家应该积极提供证据进行申诉，同时也要遵守平台的规则，避免发生类似的争议。