在Fnac跨境电商平台上，商家可以自主设置运费，具体设置方法如下：

1. 登录Fnac商家后台，在左侧栏找到“产品管理”；2.选择需要设置运费的产品，点击“编辑”；3.在“编辑产品”页面的右侧找到“运输信息”部分；4.点击“运费安排”，在弹出的页面中设置运费。

需要注意的是，由于不同国家和地区的运费标准不同，商家需要根据实际情况进行合理的运费设置，以避免影响销售和客户体验。