如果商家发现拼多多恶意扣款，首先应该保留好相关的交易记录和证据。然后及时与拼多多客服取得联系，进行投诉和申诉。可以通过拼多多官方渠道和投诉电话进行沟通，说明情况并提交相关证据。同时，还可以寻求法律援助，通过法律途径保护自身权益。另外，也可以通过媒体或网络平台曝光事件，引起更多人的关注，推动问题得到解决。保持耐心和坚定，维护自身权益。

如果商家被拼多多恶意扣款，应该采取以下措施：

1. 保留证据：收集和保存所有与扣款有关的证据，包括订单、付款记录、扣款通知等。

2. 联系拼多多客服：通过拼多多平台的客服渠道，与拼多多平台的工作人员进行沟通，详细解释情况，并要求对方给出合理的解释和解决方案。

3. 法律维权：如果拼多多平台无法给出合理的解决方案，可以寻求法律帮助，向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。在处理此类问题时，建议商家保持冷静，不要轻易做出过激的行动，尽量通过和平的方式解决。如果问题无法得到妥善解决，再考虑采取法律手段维权。