由于亚马孙河常年降水丰沛，所以没有明显的汛期，但是这不等于亚马孙河没有汛期。

季节性的降水使得亚马孙河及其支流经常泛滥，每年从11月份开始涨水，直到第二年6月份开始减退，河道平均深达40米，宽平均38千米。然后到9月份回落到最低的水位，到了11月份再次开始涨水，如此循环。而每年的6月到9月为枯水期，枯水期流量仅仅占全年总流量的14％。由于赤道南北的雨季不同，所以亚马孙河通常每年会有两次大的洪峰。其中赤道以南的高洪期发生在每年的3月到6月，6月达到最高水位，其洪峰流量占全年总流量的40％。次洪期出现于10-11月。