1、开发环境。

C#用Visual Studio，而JAVA用MyEclipse；跨平台Java用虚拟机，C#用Framework；Java所有平台都支持，而C#只有Windows和Linux支持。很多网友认为C#语言比Java更先进，如在泛型和linq上，这只能说C#编程体验好。Sun初衷是把Java设计成一个跨平台的Runtime，而Microsoft只是把.Net做成Windows的一个扩展。

2、目前市场上Java比C#占优势。很多大公司选用Java，如京东，淘宝和百度，现状是在企业更通用，Java做Web类开发很强大，C#做窗体类开发更好。

3、安全性：Java是开源的，因此在安全性能上是有一些欠缺的，C#经常应用于后台内部网络的开发，C#的安全性是很有保障的。共同点：都是面向对象的语言,也就是说,它们都能实现面向对象的思想(封装,继承,多态)。