会影响店铺排名。

1. 直通车是一种广告投放产品，扣除12分会直接影响店铺的广告投放效果，从而影响店铺的曝光量和点击率。

2. 平台通常会根据店铺的综合评分来评判其信誉和质量，扣除12分会对店铺的评分产生不利影响，进而影响排名。

3. 在竞争激烈的电商市场中，店铺排名直接关系到曝光和销量，因此受到扣除12分的影响，店铺排名肯定会受到一定程度的下降。综上所述，直通车被扣12分会对店铺排名产生负面影响。