直通车补单不会被查，补单和直通车互相没有影响，对于新手店铺来说，想要补单提高一些销量是靠谱的，直通车可以在店铺有了销量之后再开，这样消费者也会信任多一些。

从安全角度来说，直通车不会被拼多多查，但是花费的成本是比较大的，补单的成本比直通车少一些。两者可以同时进行，拼多多卖家可以根据店铺自身条件进行选择。