南宁市营运资格证可以通过网上申请和线下办理两种方式进行。

网上申请需要先注册南宁市公共交通管理信息化平台账号，填写相关信息并上传证明材料，提交申请后等待审核。审核通过后，可进行在线支付并领取电子证书。线下办理需要前往南宁市公共交通管理服务中心，提交相关材料并进行现场审核、缴费和领取证书等手续。建议选择网上申请，方便快捷，且避免人员聚集和疫情传播。