在1688严选平台上，商家需要支付一定比例的服务费用。

具体扣除方式如下：

1. 服务费率：根据不同行业和商品类型，平台会对每个商家设置不同的服务费率。通常情况下，该比例在0.5%~5%之间。

2. 扣除时间：平台会按照每笔订单实际成交金额计算出相应的服务费用，并在买家确认收货后进行扣除。

3. 扣除方式：平台会自动从商家账户余额中扣除相应的服务费用。如果账户余额不足，则需要及时充值或者绑定其他支付方式以保证正常运营。

4. 发票开具：为了方便商家管理财务和报税，平台还提供发票开具功能。商家可以在系统中申请开具增值税普通发票或电子发票，并按照相关规定进行报销和核算。总之，在使用1688严选平台时要注意合理控制成本、遵守相关规定并及时缴纳各项费用以确保正常经营和良好信誉。